在南京，公积金二次贷款的利率会比首次贷款有所上浮。
一般来说，南京公积金首次贷款的利率相对较低，体现了对首次购房者的政策支持。而当职工进行第二次公积金贷款时，利率会根据规定相应提高。
具体的二次贷款利率会根据国家政策和南京当地的实际情况进行调整。通常情况下，二次贷款利率会在首次贷款利率的基础上上浮一定比例。例如，首次公积金贷款年利率为3.25%，那么二次贷款的年利率可能会上浮至3.575%左右。
需要注意的是，公积金二次贷款不仅利率有所变化，在贷款额度、首付比例等方面也可能会有不同的要求。比如，二次贷款的额度可能会相对较低，首付比例可能会提高。
对于购房者来说，在考虑使用公积金进行二次贷款时，应充分了解当前的利率政策和贷款条件。可以通过咨询南京住房公积金管理中心、贷款银行或专业的房产顾问，准确掌握二次贷款利率及相关规定，以便做出合理的购房决策和财务规划。
总之，南京公积金二次贷款利率高于首次贷款利率，购房者在申请二次贷款时需谨慎考虑，全面了解相关政策和要求。
